1923

Dit is het bouwjaar van de kerk. In de beginjaren wordt gebruik gemaakt van een kabinetorgel, in 1860 gebouwd door de Firma Adema uit Leeuwarden. Dit orgel had vanaf 1917 dienst gedaan in de noodkerk.

1927

Er wordt een orgel geplaatst, gebouwd door de Electrische Kerk- en Concertorgelfabriek Valckx en Van Kouteren uit Rotterdam. De dispositie was als volgt:

Hoofdwerk, C - g'''				Zwelwerk, C - g'''
	Bourdon Prestant Roerfluit Gemshoorn Salicionaal Dolce Octaaf Fluit Octaaf Mixtuur Cornet Trompet	16' 8' 8' 8' 8' 8' 4' 4' 2' III IV - V 8 '			Zacht-Gedekt Viool Prestant Concertfluit Holpijp Viola di Gamba Violon cello Openfluit Woudfluit Basson-hobo	16' 8' 8' 8' 8' 8' 4' 2' 8'

Pedaal, C - d'				Werktuigelijke registers
	Violon Bourdon ● Gedekte bas ● Open bas Gedekte bas Voix céleste ● Trompet ● Transmissie	16' 16' 16' 8' 8' 8' 16'			Vrije combinaties Vaste comb.: pp, p, mf, f, ff, tutti. Treden voor: Zwelkast en Gen. cresc. Koppelingen:     Ped + I, Ped + II, I + II,     Ped + Ped super,       I + II super, I + II sub,      II + II super. Tremolo HW

1950
Er vindt een aantal wijzigingen plaats.
1975-1977
Er wordt een orgel geplaatst, gebouwd in 1935 door Gebr. Vermeulen te Alkmaar - Weert voor de Heilig Hartkerk te Tilburg. Adviseur daarbij was de organist Flor Peeters uit België. Het wordt zonder veranderingen geplaatst. Het front wordt nieuw vervaardigd en is een ontwerp van ing. Tjibbe Heidinga te Leeuwarden. De beelden op het orgel, voorstellende Geloof, Hoop en Liefde, dateren uit 1790 en zijn afkomstig van het Van Gruisen-orgel uit de voormalige Ned. Herv. Kerk te Heerenveen. Op 17 februari 1978 is het orgel in gebruik genomen met een dankdienst, waar onder andere Albert de Klerk het orgel bespeelde.
1997
Restauratie en intonatie van het pijpwerk door de Fa. De Bruyn uit Kampen.
2014
Vanwege een kerksluitingskwestie in Leeuwarden heeft de Koepelkerk de deuren moeten sluiten maar behoudt wel een monumentale status. Op 4 mei 2014 vond de laatste kerkdienst plaats. De kerk is vervolgens verkocht aan een belegger. Er is een cultureel centrum van gemaakt. Het voornemen is om het orgel hierbij te behouden.

Hoofdwerk, C - g'''				Positief, C - g'''
	Prestant Octaaf Open fluit Salicionaal Holpijp Octaaf Fluit Quint Octaaf Sifflet Terts Mixtuur Cornet Dulciaan Trompet	16' 8' 8' 8' 8' 4' 4' 2⅔' 2' 2' 1⅗' IV - VI V 16' 8'			Bourdon Prestant Flute Harmonique Gemshoorn Octaaf Blokfluit Octaaf Sesquialter Scherp IV st. Kromhoorn	16' 8' 8' 8' 4' 4' 2' II 1' 8'

Zwelwerk, C - g'''				Pedaal, C - f'
	Prestant Viola da Gamba Vox Céleste Roerfluit Octaaf Dwarsfluit Nasard Woudfluit Larigot Cymbel IV st. Trompet Basson-Hautbois Clairon	8' 8' 8' 8' 4' 4' 2⅔' 2' 1⅓' 2⅔' 8' 8' 4'			Prestant Subbas Zacht Gedekt Quint Octaaf Gedekt Octaaf Mixtuur III st. Bazuin Trompet Clairon	16' 16' 16' 10⅔' 8' 8' 4' 1⅓' 16' 8' 4'

Werktuigelijke registers
	Koppels: P + I, P + II, P + III, P + III 4', I + II, I + III, I + III 4', I + III 16', II + III, III + III 4', III + III 8', III + III 16'				58 vrije combinaties 20 knoppen automatisch Ped. 7 voetknoppen + seinlampen 6 vaste combinaties Tremulant II en III Trede Generaal crescendo Trede Zwelkast